刘义隆和徐羡之等人开始商议如何处理世家问题，然后开始实行三省六部。
首先又刘义隆按刘裕旨意，把周义和魏文杰凌迟，由于世家平日名声不好，这次又刺杀太子，弑君叛乱，百姓不管其他，太子对他们好他们就拥护太子，有人要杀太子这就让百姓愤怒了，纷纷观看行刑过程，从头骂到两人死为止。
之后刘义隆率禁军查抄两家，收缴大量钱财，粮食，地契，世家的财力确实雄厚，而且土地多是良田。
随后两家九族近万余口在建康等地分批处死，真是天子一怒血流成河。
这些刘义隆没有去管，都交给下面的人去办，毕竟他不是弑杀之人。
期间刘义隆还代刘裕到太庙告知列祖列宗，正式将刘义真驱逐族籍。
又派人把他送往荆州，让人分给他一些土地、钱财，至于王府已经收回，爵位都被罢了，已经成为普通百姓了。
刘义隆特意去给刘义真送行，不是刘义隆圣母，不管怎样都是兄弟，虽然互有争斗，但是刘义隆却下不了杀手。
“二哥，不管怎样我们都是兄弟，皇权的争斗从来都是血雨腥风，可是我不希望我的手上沾上兄弟的鲜血，到了荆州好好生活吧。”
刘义隆没有多说什么，刘义真很平静，成王败寇，他的结局已经很不错了，至少留了一条命。
“三弟，你的性子太柔了，记住对待敌人不能仁慈，作为帝王要杀伐果断。”
刘义真没有多说什么，自从得知世家九族近万人被杀，他就醒悟了，自己是被野心蒙蔽了，要不是他，这些人可能都不会死，又看了看旁边的刘义符，“大哥真羡慕你。”
刘义符没多说什么，拍了拍刘义真的肩膀，“二弟，保重。”
刘义真上了马车离开了建康。
这时候三人才像真正的兄弟一样，不过这只是小插曲。
除了两大世家，还有一些小世家和官员参与密谋，通过傅亮的审讯，大多数都是不知道两大世家具体的计划，都是属于胁从，所以除了家族主要成员被发配之外，其他人都没受到牵连。
但刘义隆请刘裕下旨，这些获罪世家三族内的人不允许参加科举，刘裕想都没想直接答应了。
至于那些官员，轻则丢官重则发配。
这样，这次世家之乱就这样落下帷幕。
接下来刘义隆着手实行三省六部，同时把荆州的王昙首和孔宁子调到建康，由到颜之担任荆州刺史。
然后与徐羡之等四人商议准备实行三省六部。
当众人计划妥当准备呈给刘裕时，宫中内侍传来消息，刘裕突然病倒，刘义隆立即进宫。
来到寝殿，看到老爹躺在榻上，来到近前，看到刘裕双眼无神，头上白发比几日前多了许多，脸色也十分苍白。
刘裕看了一眼刘义隆，眼中有了些许色彩，抓住刘义隆的手道:“车儿，为父可能挺不了多久了，朝中之事就交给你了。”
这时外面的妃子听闻开始了哭泣，刘义隆看着老爹这样心情本来就不好，“哭什么，皇帝还活着呢。”
这一声大喝妃子们老实多了，刘义隆把太医叫到一边询问，“我父皇怎么突然这样了？”
“殿下，陛下由于伤心过度导致身体虚弱，只要好好静养很快会恢复的。”
刘义隆这下放心了，看着那几个妃子和弟弟，道:“各位母妃，皇弟，父皇只是伤心过度，并无大碍，不要外传，否则别怪本太子无情。”
刘义隆怕朝中出现变故，现在不能把刘裕的情况公布出去，又令禁军把守皇宫任何人不得进出。
之后又召徐羡之、傅亮、谢晦、檀道济、王昙首、孔宁子六人进宫。
刘义隆带六人觐见刘裕，刘裕看了一眼在那边小声啜泣的妃子，拿过玉玺递给刘义隆，“朕身体抱恙，暂无法理政，拟旨，着太子刘义隆监国，徐羡之、傅亮、谢晦、檀道济、王昙首、孔宁子六人辅政。”
刘裕气息不稳，缓了一下又道:“军国大事皆由太子决断，六位辅政大臣从旁协助。”
众人一听，刘裕这时怕太子年纪小，六人把太子架空，从而把大权交给了太子。
众人领旨之后刘义隆上前道:“父皇保重龙体，国事就交给皇儿了。”
刘裕看着儿子欣慰一笑，“遇事多听听他们六位的意见，不要一意孤行。”
“皇儿明白。”
由于刘裕身体虚弱，刘义隆安排太医照顾刘裕，又打发所有人都出去，安排好侍卫后也离开寝殿。
派人通知文武临时议政，然后向正殿走去。
来到正殿，望着最高位置，说没有想法是不可能的，可是他并不着急，他才当了一年多的太子，而且才十四岁，还没成年。
叫人在御座下边放上一张桌案，准备坐在桌案前理政，他不会给那些言官机会喷他，虽说作为监国太子坐龙椅也没问题，但是他不打算这么做，老爹的心里现在很脆弱，不能刺激他了。
无论作为儿子还是太子，他真心希望老爹能没事，他还没浪够呢。
不一会文武齐聚一堂，有些大臣看见太子坐在御座之下很诧异，但是也没出声。
看人到齐了示意内侍总管宏敬宣读圣旨。
“诏曰，朕操劳国事以致身体抱恙，今特命太子监国，徐羡之、傅亮、谢晦、檀道济、王昙首、孔宁子六人辅政，所有大事皆由太子做主，六人从旁辅助，钦此。”
圣旨宣读完毕，刘义隆起身，坐在桌案前，“诸位请起，父皇操劳过度，休息几日便可痊愈，这几日就由本太子监国，徐羡之徐大人，宣读官制改革的具体计划吧。”
“殿下，改革官制是大事，要不还是等陛下痊愈再行商议。”
“不必了，父皇已经同意改革，之所以非要改革，自魏晋以来，官制越来越混乱，导致朝廷政令难以有效实施，父皇也是因为如此才累病的，所以改革势在必行。”
众人听完没人再提出异议，刘义隆示意徐羡之把具体的安排当众公布。