朱由检听后，摇了摇头，把后世的资料整理后，缓缓道出：“孙卿家，你这乃是治标不治本，其实朕心中非常的清楚，最根本的原因是太祖所创之制度遭到破坏，虽然有一些是因为不合时宜。朕就先说卫所制吧！太祖的本意是士兵闲时耕种，留够粮食以自足，剩余之粮上交国库。但如今士兵耕田所得之粮大部分都交于所属的将领，士兵只剩下小部分粮食。士兵哪里还有力量训练打将呢？所以很多卫所的士兵都相继逃亡，如今的贼首王嘉胤就是。”
孙传庭深深被朱由检的聪明才智给折服，道：“微臣明白！”
朱由检又与孙传庭聊了关于土地兼并和官商勾结的问题，足足聊了一个时辰。
孙传庭感觉到朱由检此番是下了决心整治大西北的意愿。同样他也是暗下决心彻底平定此次叛乱。
朱由检最后问道：“你说说举人有何种特权？”
孙传庭略带奇怪道：“凡中举人者免徭役丁税田赋税！”
朱由检道：“你说太祖皇帝是不是对举人好？”
孙传庭虽不解，但还是道：“回皇上，太祖皇帝此举让天下之人无不以读书为荣。读书人以读书明理，然后为官施展才华，造福一方百姓。”
朱由检叹了一声，道：“唉！是啊！太祖皇帝真可大有用心啊！朕怎么就听到一书生中举前家徒四壁，中举后第二天马上良田千顷？朕不明其中原因，孙卿家可否为朕解答一下？”
孙传庭哪里不知道崇祯皇帝这是明知故问，于是道：“微臣祖上曾跟随太祖皇帝征战封赏了不少土地，之后世代为官，所以不曾遇到此事！但微臣曾听说中举之人一般都会有豪绅富户上门拜访，应该是豪绅富户与举人相议将土地过户给举人以避免田赋税。”
朱由检试探道：“孙卿家，你以为此事如何处置？”
孙传庭心中一惊，连忙道：“皇上此事万万不可轻易处理啊！如今举人受地之事已是普遍之事，如果现在处理必遭全体文官抵制。严重者会危及江山社稷，微臣希望皇上慎重考虑，万不可轻易行事。微臣更希望皇上不可将此事轻易说与别人，此事泄露出去，后果难料。”
朱由检听孙传庭如此说，也不由不更加慎重的考虑起来，来回踱步。最后他觉得孙传庭之言非常有理，若处理此事，就必须要有值得信任的人。现今，他心中信任的人主要是孙承宗、袁可立、孙传庭、卢象升和曹文诏。其余之人有待考察。信任的人都已经有了重要任务，根本就抽不出身来。如果此事托非所人，那事情不但没得到解决，而且还会使朱由检他惹火上身，体无完肤。朱由检又考虑到现在正处于权力更替且内忧外患不能操之过急，再出问题就难办了，最后看了孙传庭一眼。
孙传庭见之，趁机道：“皇上，现在最重要的是平定叛乱，使朝野安定，才能处理此事。微臣可为皇上收集证据，到必要时就有用武之地。”孙传庭见皇上如此信任自己，也不再保留了。
朱由检很赞赏，道：“好！朕便将西北之事全托付于你！哦，差点忘了，西北边防之事。如果真如你所言，林丹汗西逃后必定侵扰宁夏一带，一定要提防他。”
孙传庭马上答道：“微臣谨遵皇上旨意。”
朱由检又问道：“那你去军营中挑选一些亲兵吧！”
孙传庭拜道：“遵命。”
朱由检决定去军营到处溜达溜达，放松心情。朱由检一边看着努力训练的士兵，一边回忆起前世的事情。他记得原本崇祯元年上半年除了审查魏阉一事就没有其他大事了，陕西发生叛乱这应是年底的事情，难道真的是他的做法产生了蝴蝶效应？
朱由检站在卢象升的练兵场上观看卢象升练兵。卢象升对士兵非常严格，但又非常关心，士兵吃什么，他也吃什么，从来就不搞特权。士兵对卢象升又敬又爱，对他的命令一定绝对服从。对如此优秀的将领，历史上的崇祯皇帝为什么要派一个太监监军高起潜来掣肘他？这一点现在的朱由检就想不明白了！他又想到祖大寿，马上明白了。看到士兵对卢象升如此之敬重爱戴，原来的崇祯皇帝马上感受到危机，怕卢象升又像祖大寿一样有哪一天不受自己的控制了，所以才派了害人精高起潜去掣肘卢象升，免得卢象升拥兵自重。崇祯十五年，天下已经烽烟四起，不少将领已经开始拥兵自重，大明大夏将倾，崇祯皇帝虽然政治手段不俗，但军事方面就是一个大白痴，所以特别害怕手下将领造反。遥想当年，明武宗正德皇帝朱厚照不怕别人造反，就怕没事干。鞑靼小王子屡屡犯境，朱厚照化名朱寿直去接去大同统领五万大军与鞑靼小王子的五万大军决战，自此数十年间小王子不敢南顾。
朱由检也有些无奈了，皇帝这个位置也不是想象中这么好当。若要稳坐皇座，那朱由检就必须要有实力，没有了实力就只能在朝党上说空话。
翌日，朱由检正式任令孙传庭为陕甘宁三边总督，总管一切事务，并赐尚方宝剑，便宜行事！虽然朝中不少大臣都表示反对，但朱由检一心坚持己见，内阁要员也支持皇帝，最终朝中众大臣只有无奈低头。
朱由检对孙传庭可是寄予厚望，一直将孙传庭送至北京城门外。朱由检在城头上看着渐渐远去的孙传庭一行人，心中暗暗叫道：“孙传庭啊孙传庭！西北之事就全交给你了，我要不要自挂东南枝，就全看你了。”
又过两天，朱由检又送曹文诏、曹变蛟、卢象升、吴三桂等人出发去宁远。
朱由检刚回到宫中想好好的休息一下，没想到收到钱谦益奏上的一份奏章。朱由检看了半天才勉强看出这奏章的意思主题是免除工商税。
朱由检生气道：“哼！免除关税，关税就能富足百姓？免去关税，国家哪来的收入？以后别说是普通人，即使是皇室宗亲也要交税！”说完直接写上“不准”二字。