上次数码世界的危机已经过去半年的时间了。
这一天，网络上开始报出太一跟阿和的一些糗事，什么太一小时候尿床还在床单旁边比耶的照片啊，阿和跟素娜约会路过酒店面前的照片啊，等等。
然后这些照片被以邮件的方式寄出，每封邮件都还有一只水母兽。一时间，东京各地开始陆陆续续出现水母兽通过邮件，出现在现实世界的现象。
得到这个情报的太一等人，已经开始集合在御台场中学的电脑部内。这里是太一，等人上学的地方。光子郎通过一些关系，将这里设置成了自己的秘密基地。
大辅匆匆赶到这里。
大辅：对不起，我来晚了。
光子郎：这下全员到齐了。
大辅走进来后，看到众人早就集合在了这里。听到光子郎的话后，伊织开口问道
伊织：美美姐，素娜姐和阿丈哥呢？
光子郎：美美正好在从鹰酱回樱花的飞机上，阿丈在忙高中的入学手续。说起来灵哥怎么不用去办理呢？
欧阳木灵：前几天小光就陪我去弄好了。
光子郎：原来如此，素娜她...
说到这里，众人看向阿和，毕竟他们的关系，众人早就知道了。
然后，阿和开口道
阿和：她去了网球部的集训，现在应该正在往这赶来。
大辅：我说，究竟发生什么事了？
面对大辅的问题，光子郎打开了投影，这是收集到的水母兽在网络上发出的邮件集合。结果第一张就是太一尿床的照片。
大辅：哈哈哈，这家伙是谁啊。
看到这张照片，大辅笑了出来，然后就听到太一开口道
太一：不好意思，是我。
然后大辅只能不好意思的尬笑。大辅怕太一揍他，不过有人不怕啊。
欧阳木灵拍了拍太一的肩膀，然后笑了出来
欧阳木灵：哈哈哈哈，太一，没想到你还有这样的一幕啊，哈哈哈哈
本来比较严肃的场合，被欧阳木灵这一整，大家都纷纷开始捂着嘴憋笑，当然，除了小光。
小光：真是的，我还是第一次知道，哥哥原来以前尿过床，嘿嘿嘿。
本来还在憋笑的众人，听到小光的话后，瞬间笑了出来。
太一：灵哥，小光，你们这样我很没面子的。
接着光子郎笑着切换了下一张图片，这下阿和笑不出来了。
看到照片的瞬间，欧阳木灵一脸怪异的看着阿和开口道
欧阳木灵：阿和，没想到你和素娜已经到了这一步了啊。
听到欧阳木灵的话，再配上照片上的地点，众人瞬间一副“我懂了”的表情。
阿和：别乱说，我们没有，只是路过。
结果欧阳木灵还是一副“我懂得，别解释”的表情，阿和看到后，放弃抵抗了。
不过接下来，欧阳木灵就说道
欧阳木灵：好了，玩笑就开到这，接下来的事，我来说吧。
光子郎：嗯。
然后欧阳木灵说道
欧阳木灵：从昨天晚上开始，网上就到处在传这几张照片，而且做这件事的，应该是迪亚波罗兽。
大辅：迪亚波罗兽？
小京：就是三年前在网络上肆虐的那个？
伊织：它不是被奥米加兽和阿尔法兽消灭了吗？
阿和：明明应该打败了才对的。
太一：看样子，那家伙还活着...
小贤：究竟怎么回事？
光子郎：应该是那场战斗中残留的数据增殖了。而且那家伙利用邮件，把水母兽传送到现实世界来了。
欧阳木灵：相信大家应该都知道那家伙的恐怖，毕竟他之前控制鹰酱核潜艇发射的核弹，现在还在东京湾底部。
大辅：好，那就让我们去打倒他！
太一：慢着。
就在大辅他们想要前去消灭迪亚波罗兽的时候，太一将他们拦住了。然后欧阳木灵说道
欧阳木灵：大辅，你们有别的事情要做。
大辅：什么？
欧阳木灵：现在东京各地都出现了不少水母兽，我需要你们在现实世界中将那些水母兽聚集起来，传送给光子郎。
太一：没错，万一那些家伙在现实世界进化的话就不妙了。
大辅：这样啊，我知道了。
接着，欧阳木灵看向小光说道
欧阳木灵：小光，这次你也帮助大辅他们。网络世界有我和太一，阿和就够了。
小光：好吧。
欧阳木灵：光子郎，亚古兽他们就拜托你了。
光子郎：好。
说罢，欧阳木灵和多路兽带着太一跟阿和进入了网络世界，而大辅他们也在现实世界开始行动起来。
三人和多路兽刚进入网络世界不久，就遇到了赶过来的亚古兽和加布兽。
另一边，大辅他们做地铁的时候抓到了不少水母兽，而且V仔兽还进行了攻击。按照之前说的，不能攻击，不然水母兽可能会进化。
然而，V仔兽他们的攻击并没有引发水母兽的进化，大辅也将这件事告知了光子郎，这让光子郎很是疑惑。
而太一他们三人，三数码兽已经快要来到母体这边了，不过水母兽们并没有对他们发起攻击，而是无视他们随意飘荡在网络世界中。
亚古兽一个没留意，撞上了一只水母兽。
加布兽：亚古兽，小心一些。
太一：这些家伙无视我们，到底想干什么？
阿和：不是交给大辅他们处理了吗？我们只要打败母体就可以了。
欧阳木灵：或许没有这么简单，不过，先上吧，到时候再说。
然后，他们开始加速前进，接着，奥米加兽和阿尔法兽的身影出现在了迪亚波罗兽的不远处，同时，现实世界的各个大荧幕上开始播放他们的战斗。
随着阿尔法兽和奥米加兽的出现，这个空间里的水母兽开始将他们包围起来。
阿和想要直接进攻母体，结果发射出去的加鲁鲁炮被水母兽们用自己的身体拦截了下来，根本攻击不到迪亚波罗兽。
面对这种情况，阿尔法兽开口道
阿尔阿兽：我来掩护，你们想办法近身。
说罢，阿尔法兽开始使用灵魂数据化进行扫射，瞬间清空的面前的水母兽们，奥米加兽也趁着这个空隙冲了出去。
这个时候，迪亚波罗兽开始发起攻击，从胸口处发射出一枚枚能量炮，企图阻挡奥米加兽的靠近。不过，他的炮弹，全都被阿尔法兽的灵魂数据化拦截了下来。
奥米加兽趁着这个机会，使用暴龙剑直接命中了迪亚波罗兽的头部，然后加鲁鲁炮贴身轰击迪亚波罗兽，直接将迪亚波罗兽消灭了。
但是于此同时，这个空间的所有水母兽，立马通过网络进入了现实世界。同时切断了入口，将企图同个这个方式将奥米加兽和阿尔法兽留在这里。
但，因为阿尔法兽在，怎么会怎么轻易让它得逞，于是，阿尔法兽使用能力，先和奥米加兽来到了数码世界，然后在借由数码世界为跳板，回到现实世界。
不过当他们回到现实世界后，发现水母兽们全部集合在东京湾。
原来，在网络空间的大门被切断后，水母兽们就已经全部出现在了现实世界，并且朝着东京湾赶去。
光子郎在知道这个消息后，立马通知了大辅等人。原本大辅和一乘寺贤想要利用帝皇龙甲兽的机动性先一步赶去东京湾的，不过V仔兽和虫虫兽在抓捕水母兽的过程中，被水母兽群一起带走了。两人无奈，只能从涩谷跑去东京湾。
不过好在路上遇到了骑着自行车赶来支援的阿丈，可是自行车只有一台。但阿丈这个时候正好看到一个女生骑着自行车路过，于是赶忙拦了下来。
厚着脸皮和对方借用自行车，最后对方同意了。另外一边的小光等人，因为距离东京湾比较近，所以几乎是跑着过去的。
当他们分别赶到东京湾的时候，这里已经被水母兽们占据了。并且所有的水母兽开始集合起来，变成了一个巨大的数码蛋。
当阿尔法兽和奥米加兽出现在东京湾的时候，数码蛋已经孵化出来了。
阿尔法兽：这就是灭世魔兽吗？
灭世魔兽
（简介：灭世魔兽，由迪亚波罗兽的幼年期，水母兽大量融合，引发突然变异而诞生超越究极体存在的数码兽。迪亚波罗兽拥有将自己大量复制的能力，但那样的话本身拥有的能力就会下降，迪亚波罗兽正是拥有这种特性。不过，孳生大量幼年期并让其融合，并不是分散能力，而是凝聚成一个个体，所以获得了迪亚波罗兽之上的力量。另外，迪亚波罗兽系数码兽是既不属于光也不属于暗的特殊数码兽。必杀技是从背部向高空放出能量弹，四散的光束像雨一样落下的“黑雨”，以及从张开的大嘴中发射的破坏能量波“究极爆炎炮”。）
看到阿尔法兽和奥米加兽出现的瞬间，灭世魔兽瞬间对着阿尔法兽和奥米加兽吐出了究极爆炎炮。
不过被阿尔法兽和奥米加兽躲了过去。然后，阿尔法兽和奥米加兽分别对着灭世魔兽使用了加鲁鲁炮和灵魂数据化。
他们的攻击都精准命中了灭世魔兽，但对它都没有造成太大伤害。
阿尔法兽：很强的防御力，那么试试这招如何。
就在阿尔法兽蓄力准备攻击的时候，奥米加兽做出了一个惊人的举动。
阿尔法兽：危险，奥米加兽，回来！
然而已经来不及了，奥米加兽使用暴龙剑刺入了灭世魔兽的头部，然后将加鲁鲁炮放在灭世魔兽的嘴里，接着发射。
然后，奥米加兽就被灭世魔兽一口究极爆炎炮打飞出去，落在太一跟阿和附近。
阿尔法兽：这个笨蛋！
说罢，阿尔法兽不断使用灵魂数据化攻击灭世魔兽，不断靠近奥米加兽。
另一边，大辅和一乘寺贤也终于赶到了这里。当他们看到奥米加兽被打倒后，心里很是着急，这个时候，V仔兽和虫虫兽也发现了他们。
然后大辅和一乘寺贤穿过了人群，来到他们面前。接着帝皇龙甲兽出现在了空中，并对着灭世魔兽发起攻击。
灭世魔兽也没有惯着阿尔法兽和帝皇龙甲兽，释放了黑雨还击。
对于灭世魔兽的还击，阿尔法兽还好，毕竟强度在这里，不过帝皇龙甲兽就没这么好运了，被黑雨直接命中，不过好在他利用形态转换的无敌时间挡下了这次攻击。
阿尔法兽：帝皇龙甲兽，别鲁莽，帮我争取点时间。
帝皇龙甲兽：知道了，光子镭射！
阿尔法兽见状，赶忙给奥米加兽输入了一个程序，同时将奥米加兽的一部分力量分离出来，传输给了帝皇龙甲兽。
灭世魔兽见状，从嘴里吐出究极爆炎炮想要阻止，不过已经来不及了。
只见奥米加兽身上冒着神圣的光芒，暴龙剑会出，切开了灭世魔兽的究极爆炎炮。同时帝皇龙甲兽通体变成白色，手持一柄长剑，飞在空中。
大辅&小贤&太一&阿和：那是...
帝皇龙甲兽：帝皇龙甲兽圣骑士形态！
奥米加兽：奥米加兽X！
阿尔法兽：安排了这么久的计划，终于实现第二步了，那么，也该结束了。
帝皇龙甲兽&奥米加兽X：好！
帝皇龙甲兽：奥米加剑！
奥米加兽X：怎么感觉你在骂我？全部删除！
阿尔法兽：这也不能怪他，毕竟他手上的剑就是这个名字。混沌终结！
在这三个超越了究极体的圣骑士数码兽的攻击下，灭世魔兽并没有像原著一样，分裂成水母兽，而是直接被消灭了。
毕竟按照原著的剧情，那些水母兽们只是被封印了而已。因为那个地方的存在，阿尔法兽可不像看到这些水母兽被那个地方得到。
所以早就计划了这样一幕，不但能够光明正大的给帝皇龙甲兽和奥米加兽提高实力，还能避免这难缠的水母兽又被那个地方得到的风险，一举两得。