解决完美扎德之王的克诺诺斯感觉周围空气都清新了几分，但是那毫不遮拦的天空便暴露在克诺诺斯的眼下。只见在天空中，星象颠倒，众星位移，一个巨大的黑洞在缓缓地运动，而且内部已经有一股恐怖的气息泄露了出来，在黑洞的另一旁一定是一个恐怖的大家伙。
杨穹回到EX号，驾驶着回到了基地。
“美扎德之王已经解决了。”杨穹向指挥报告到。
“看到了，克诺诺斯奥特曼出现了。”
“指挥，有没有克诺诺斯奥特曼的一些最近的战斗视频？”
指挥惊讶的望向杨穹，好奇他怎么会问这个问题，难道他不是克诺诺斯奥特曼？指挥并没有陷入思考，而是让乔姬将克诺诺斯奥特曼出现的战斗视频都发给了杨穹。
半夜，在休息室中，杨穹在一帧一帧的分析与安东拉的战斗，果然，最后射线即将击中安东拉时，安东拉身体开始虚化，周围出现一道道类似门一样的能量条纹，之后安东拉化作一道流光化向视频的右下角。
虽然在视频的右下角没有任何人影出现，但是杨穹确定在视角之外一定有一个雷奥尼克斯。并且这个雷奥尼克斯实力一定不弱，毕竟安东拉可不是普通的怪兽。
雷奥尼克斯是获得了究极生命体雷布拉德星人遗传基因或被其精神所沾染的地球人或者宇宙人的名称。他们拥有格斗仪，可以控制怪兽战斗，格斗仪还可以治愈怪兽，同时当怪兽受伤时雷奥尼克斯也会受伤。当然看过大怪兽格斗的杨穹知道所谓的雷奥尼克斯只不过是雷布郎多星人想通过养蛊的方式获得最强大的雷奥尼克斯的身体，通过此种方式复活罢了。
这个世界越来越乱了杨穹想到，未知的黑暗能量，原初之罪，雷奥尼克斯，杨穹确定盖亚之中一定没有这些东西。看起来自己的小翅膀扇的有点过度了。
同时，根源性破灭招来体对于他的压力也越来越大了，原以为只是打打怪兽，但是这一次的天空能量让杨穹想起来最后一集佐格给盖亚和阿古茹充能，未来的地球发生了什么？这个疑问一直压在杨穹的心头。
第二天清晨的一处海边，玲子与藤宫在这里稍作休息，但是二人很快被追击的吉欧基地的人发现，在空旷的路上展开了一场竞速，但是在一处拐弯处玲子的车打滑掉下了山崖，这时蓝光一闪，阿古茹出现了，玲子被护在手心。阿古茹冲着追击的几人发射了几发阿古茹光标将他们的汽车破坏，并无伤人之意。而后向天空飞去，带着玲子来临了一场空中约会。
我梦看见了阿古茹，想到：藤宫，我会证明你是错的。掏出蓝宝锥大喊道“盖亚~~~！”红光闪过，盖亚飞上天空，对着阿古茹向下指了指。二人降落到一处牧场之中。阿古茹小心翼翼的将玲子放在远处。玲子看到阿古茹和盖亚，就猜到他们会有一场大战。便向战场跑去，但是被赶来的吉欧基地的吉良吉影拉住，玲子痛苦地大喊“为什么？奥特曼也是人类啊！”但是另一边的战斗已经开始。
盖亚开局就向前冲去，阿古茹用光标炸起尘土阻碍了盖亚的视线，同时向前飞起一脚将盖亚踢到一旁，但是就在要继续踢击盖亚时被盖亚抓住脚踝向一旁甩去。刚站起来就被盖亚右拳打飞，就在盖亚想要继续追击时被阿古茹锁住右臂狠狠地用手刀斩了一下，紧接着阿古茹腾空二连踢将盖亚踢飞盖亚很快调整状态，在阿古茹没有防护的状态下连续在他的肚子上打了几拳，但是手臂受伤，并没有打出有效的攻击。
空中基地指挥的堤主任坐着和平号已经到了现场。
二人越打火气越上来，招招式式都带上了能量，但是二人没发现他们所碰撞产生的能量都被上空的黑洞吸收，黑洞越来越大。
此时的杨穹来到了阿拉莫斯研究所，他进入之后果然发现了正在运行的克里西斯，并且克里西斯还不断地在外发送某种波动，杨穹开始与黑洞的波动进行比对，果然发现波动重合。看着克里西斯，杨穹狠狠地说道：“果然是你搞的鬼。”
就在这时，杨穹感到一股强横的能量闯入了这个世界，向空中看去，果然一个巨兽的头颅从黑洞中伸了出来。而盖亚和阿古茹已经失去了踪影。
在盖亚和阿古茹小时候和平号就下降，进行现场勘察，在一处小沟旁，指挥看到了抱着胳膊的我梦。我梦看到指挥，就知道自己的身份藏不住了，这时指挥没有说话，只是将我梦一旁的衣服收拾好将我梦骨折的胳膊包了起来。
指挥的通讯响了起来，堤主任说道“指挥，我们发现了藤宫博野，你那里有没有什么发现？”
指挥干脆道“没有，我这里没有发现。”在挂掉通讯后，指挥就扶着我梦将他带到了我梦的一处小基地。看着我梦坐好后，指挥扶住我梦的胳膊，向上一扭，我梦惨叫一声，胳膊就接好了。我梦想要解释，但是指挥并没有给他说话的机会“解决完这次的事件就回来工作吧。”说罢，指挥就离开了。
后脚杨穹就来到了这里，我梦惊讶道“杨老师！”
杨穹二话没说一束光从手上涌出，治愈着我梦同时说道“克里西斯有问题，我已经将它强制关机，已经将数据发送给你了。一会你先到这里”杨穹指了一处位置，“一会我带藤宫去寻你。”
说完杨穹就不顾能量消耗，直接穿梭到了藤宫的牢房，藤宫还未反应过来就被杨穹带走，在路上，不断给他能量，治愈身体。
“克里西斯有问题，你受到了它的欺骗，同时稻森博士失踪了。”
“什么？不可能，你在骗我?”藤宫的精神有一点恍惚。
“阿拉莫斯研究所我去的时候，发现有人生活的痕迹，只有稻森博士才有可能。同时这是证据。”杨穹将手上的通讯仪抛给藤宫。
我梦这时也赶了过来。藤宫看着数据，不可置信，想到他曾经那么相信克里西斯。藤宫惨然一笑，对着我梦说道“或许你是对的，带着我的力量好好地走下去吧。”举起三角锥，海洋之光从中飘了出来。藤宫二话不说就离开了。
我梦感受到了藤宫的决心，望着天空的巨兽，说道“上吧，杨老师。”
蓝色与红色的光芒交汇，盖亚再次出现，不同的是盖亚胸前的护甲变成了黑色。
同时杨穹也变身成为克诺诺斯，二人向天空飞去。
巨兽佐利姆由于只出现了脖子与头，攻击手段只有高温火焰。二人分开两边，不断地用光标攻击。但是收效甚微，哪怕克诺诺斯使用蕴含空间力量的光量子流线也只能让佐利姆感到痛楚而已。
盖亚一时不察，被佐利姆撞在地上，紧接着火焰就要喷射而出，克诺诺斯撑起护盾，挡在了盖亚身前。盖亚看着挡在身前的克诺诺斯，向着因为破灭招来体而陷入危机的地球，盖亚将双臂放于头顶，向下一划，蓝色与红色的光芒一闪，盖亚的身体两侧出现了蓝色条纹，胸部隆起，力量感十足。感受着身后磅礴的力量。克诺诺斯知道盖亚已经掌握了SV的力量。
盖亚从克诺诺斯身旁掠过，迎着火焰进入了佐利姆的内部，量子流线发射，佐利姆在一片爆炸中化为齑粉。