奈欧斯诞生
某日一对男女驾车行经山区公路，突然遇上山壁崩落，还导致山桥断裂。等到他们下车检视灾情时，却意外发现山壁内有怪物活动的迹象。HEART总部(哈特总部)作战司令室内，哈特队员正在讨论著：因为黑洞影响失衡现象，世界各地都有可能发生怪奇现象。
突然，警报器响起，HRT RADAR WARNING SYSTEM 接获报告：阿贺矿山（山崩现场附近）发生不寻常现象，多人表示看到山壁不时震动、矿坑内发出蓝光，好像有怪兽叫声。港权八队长认定这是“2级事件”，下令出动“HEART队”。所谓的“HEART队”，是专门从事高科技调查、救援工作，一支直属于行政情报局的危机处理团队。他们是六位充满勇气、热情的队员，具备优异智慧及体力，是各个领域的顶尖高手；利用尖端科技，调查各种怪异困难的事件。
HEART队驾机来到山区，再驶车深入现场。矿坑口外，有居民认为怪声音像是“阿纳卡尔”天神的愤怒；在古老传说中，它是守护矿山的龙，掌管金属矿脉。奈奈队员随同神乐进入“SX战车”，启动“空气引擎”后，四车轮迅速收离地面；接着设定“防卫模式”，车窗玻璃随即覆上金属防护罩，两人驾车进入矿坑。车行不久，他们看见发出蓝光的矿石横阻著坑道。两人取回一小块矿石，队长留下亚美队员一人独自分析那块岩石，其他队员则协助疏散附近居民。
突然听见一阵惊叫声，原来是那块岩石衍生出触手，自行破坏检测箱脱逃，在临时篷内四处飞窜，吓得北林手忙脚乱。神乐、队长闻讯立即赶回支援，但因岩石移动速度敏捷，难以准确射击。后来因为哈特队员不慎击毁管路喷出低温气体，才导致岩石停止活动、恢复原状。经过再次分析，怪物的原凶是附着岩石表面、放出蓝光的微生物；这种情况本不该发生，原因很可能是天象异变所产生的自然失衡现象。队长推测坑内可能还藏有更多此类微生物，所以下令队员别让居民接近矿坑。
现场矿坑外，狗狗小杰似乎感受到洞内藏有什么怪物而狂吠不止，随后还冲入坑洞；小主人小功因为关切小杰安危，也跟着追进去。看见孩童家人担心惶恐的样子，奈奈不顾队员的拦阻，驾“HEART动力车”突破封锁管制线闯进现场。
就在奈奈顺利寻获小功与狗狗时，山脉又开始产生震动，奈奈等人来不及脱困，无线电也断讯无法联系。山脉崩裂之后，冒出一只巨大怪物──矿脉怪兽“阿纳加鲁格”。仔细一看，SX战车竟被吸附在怪兽身上，车内俩人因为先前剧烈震动而昏厥过去。HEART队决定先救二人，并阻止怪兽走向人多的镇上。因为SX战车无法脱困，使得HEART队攻击行动显得捉襟见肘、左右为难。即使以导弹攻击怪兽下盘，依然无法阻止怪兽的前进，而且它还毫发未伤。HEART队原想用“急速冷冻导弹”抑制微生物的生命力，后来因人质牵累而做罢。
此时，神乐为了救困在怪兽身上的奈奈两人，直接跳出战机想亲自驾驶“HEART动力车”脱困，但怪兽的攻击使的神乐难以行动，此时，周遭时间突然停止。在空中的神乐见到了一位自己曾在外太空出事时，一位前来搭救，熟悉的红色身影。在红色巨人的一番话后，神乐接住了一道光，那道光在神乐手上变出了一个变身器，神乐此时大喊:“奈欧斯！”，神乐变身成为了奈欧斯奥特曼，和怪兽作战，最终成功将怪兽消灭。
因为黑暗物质的影响而逃亡到地球的萨姆星人，通过建立萨姆塔来吸收黑暗物质的能量，以促使自身进化，最终由于实验的失败而失控。亲自作为实验体的萨姆星人首领，在暴走前就恳请神乐元气（奈欧斯奥特曼）出手，在自己失控时消灭自己。而此时的神乐元气虽然经历过了和阿纳加鲁格的战斗，但还是对自己的真实身份知之不详，因此面对巨大化且凶暴异常的萨姆星人时不知所措。
就在此时，赛文21奥特曼再次出现，帮助神乐元气想起了缺失的记忆。原来，当初神乐元气在宇宙中调整电波望远镜时遭遇陨石群袭击，为了救援同伴而被甩飞到宇宙空间中，正好被前往地球调查黑暗物质的奥特战士所救。神乐为了救援同伴而牺牲自我的勇气，深受奈欧斯奥特曼的认同，于是得到了奈欧斯赋予的变身道具，并和奈欧斯一体化，接受了作为奥特战士的使命。回想起一切的神乐元气，变身为奈欧斯奥特曼出战，消灭了失控的萨姆星人。从这一战开始，神乐元气正式开始了作为奈欧斯奥特曼的使命，和黑暗物质引发的失衡现象展开战斗。
在最终决战中，奈欧斯奥特曼与同样来自于M78星云光之国来的奥特曼战士·赛文21奥特曼共同对抗由太阳黑子而产生的最终怪兽曼修海特，起初奈欧斯奥特曼与赛文21奥特曼并非兽化的曼修海特的对手，曼修海特只用了两招就打倒了两大奥特曼。
后来萨姆少年对奈欧斯舍命变身保护自己十分感动，牺牲了自己为奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼补满了能量。悲愤交加的奈欧斯和赛文21奥特曼使出双重光标使曼修海特蓄力失败，并将曼修海特的角被打碎由此失去力量来源，从空中掉落，接着就被奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼一顿暴打，最后曼修海特使用了终极必杀-紫色光束闪电，但失去了能量来源，力量大减，奈欧斯奥特曼和赛文21奥特曼都使出最强光线，与曼修海特的紫色闪电相互抵消了一下子后，曼修海特的紫色闪电就被压制了回来并反弹到曼修海特身上并最终彻底消灭了曼修海特。
在打败曼修海特后，奈欧斯奥特曼与神乐元气分离，和赛文21奥特曼一起回到了光之国。
光之国的罪犯贝利亚奥特曼越狱，击败了泰罗奥特曼率领的拦截队后入侵到了光之国本土。包括奈欧斯奥特曼在内的众多奥特战士紧急集合，展开阻击战围攻贝利亚，但贝利亚实力强劲，警备队的战士们都被击败。最后，贝利亚夺去了等离子火花核心，奈欧斯等奥特战士们都被寒流冻结，整个光之国陷入冰封。
但贝利亚实力强劲，警备队的战士们都被击败。最后，贝利亚夺去了等离子火花核心，奈欧斯等奥特战士们都被寒流冻结，整个光之国陷入冰封。
在赛罗等人夺回等离子火花能量核后，奈欧斯等人才从冰封中苏醒、重获自由，和光之国的众奥特曼们一起聆听奥特之王振奋人心的演讲。
为了搜寻鲁格赛特，爱迪奥特曼找到奈欧斯和赛文21，三位奥特战士组合成为讨伐队进行追击，并将鲁格赛特追赶到行星菲德上迫降，奈欧斯和赛文21、爱迪也就地和鲁格赛特展开激战。奈欧斯等人的攻击无法对鲁格赛特造成伤害，反被鲁格赛特压制；又遭遇亡灵魔导士雷伯特斯召唤出奇玛伊拉的攻击，奈欧斯等人陷入危境。关键时刻，高斯奥特曼和杰斯提斯奥特曼赶来援助，缓解了奈欧斯他们的压力。随后，奈欧斯联手四位奥特战士猛攻鲁格赛特，形势僵持不下。
在合力击杀鲁格赛特后，奈欧斯等人在交流情报时遭到阿布索留特·塔尔塔洛斯的袭击，幸亏高斯和杰斯提斯合体成为雷杰多奥特曼登场，将塔尔塔罗斯吓退。奈欧斯等人才能脱险，返回光之国。
奈欧斯在执行任务结束后的返程途中，遇到了银河救援队的利布特奥特曼和安杜鲁·美洛斯，此时的二人正遭到宇宙大怪兽贝蒙斯坦的攻击，奈欧斯出手援助，消灭了贝蒙斯坦。随后，奈欧斯受邀来到银河救援队的基地，再次遇见了古库尔西撒。原来，古库尔西撒曾在加入银河救援队时，到光之国的勇士司令部申请接受训练，而训练它的代表正是奈欧斯。在长时间的交往中渐渐读懂对方的感情，奈欧斯能轻易理解古库尔西撒的语言，并帮助利布特了解古库尔西撒表达的意思。