精灵宝可梦，简称‘宝可梦’，是这个星球上非常不可思议的生物，它们的种类有100、200、300……不，也许会比这更多。
宝可梦与人类作为朋友与伙伴齐心协力，但有时也会作为‘敌人’而对立，它们居住在世界的各处。接下来小赤的旅行故事就此展开。
……
时光悄然流逝，在这三年的时光中，小赤与大针蜂逐渐成长，并与意外相识的梦幻成为了要好的朋友。
很快三年的时光就此离去，小赤也达到了十岁出发旅行的日子。
在这个世界，只要到了十岁，就能得到属于自己的初始宝可梦。但要想得到联盟培养的御三家和授予的宝可梦图鉴，必须得缴纳十年的费用以及宝可梦博士的推荐。这也是为什么小赤年少就去大木研究所担任助手的原因，因为花子要承担小赤与小智两兄弟的费用。
但作为助手也是有福利的，小赤与小智两兄弟的费用全部被大木博士承包了，作为研究界权威的大木博士，这些小钱根本不在话下，大木博士更希望小赤不要因为这些税金而耽误了自己的前程。
“早上好啊，妈妈！”
小赤洗漱完，整理好自己的着装后，就匆匆忙忙的来到楼下就餐，因为不用缴纳费用的缘故，小赤每天的饮食都是相对丰富的，很好的补给了自己需求的营养，也让小赤的体质比同龄人要来的健壮。
“小赤，小智那孩子呢？”花子疑惑道。
“小智那家伙还想再睡五分钟，也不知道会不会迟到……”小赤含糊道，其实小赤是可以叫醒小智的，但那样也就会失去与皮卡丘的邂逅，小赤不想让这段命运的邂逅就此磨灭，所以让花子不要主动去叫醒小智。
吃完早餐后，小赤就动身前往大木研究所，细心的人可以看出小赤的腰带已经镶嵌了一颗精灵球，这是大针蜂的精灵球。这三年来，小赤与大针蜂都会秘密的进行锻炼，而陪练对象自然就是结识的梦幻。
因此，大针蜂的实力也是突飞猛进，加上双特性的加持下，不是天王级别的训练家根本无法将大针蜂打败，甚至连后者都隐约有压制的迹象。
来到大木研究所外，一眼望去都是大人在此聚集。大人们看到小赤的到来，也是欢呼的为其加油喝彩，每一位从真新镇出发的新人训练家都是他们的骄傲。
简单的嘘寒问暖后，小赤来到了大木研究所内，发现小茂与一位少女已经在此等候。少女长相秀气，留着一头褐色的秀发，戴着白色半圆红条纹的帽子，穿着浅蓝色露肩上衣与红色短裙，携着一个淡黄色的斜挎包，此人正是叶子。
叶子是小赤在七岁夏令营结识的朋友，两人的关系也很融洽。
“没想到你也有迟到的一天，小赤～”叶子笑着打招呼道。
“出了一点小插曲。”小赤回答道。
在来大木研究所之前，小赤还与大针蜂一起前往训练的森林，与结识的梦幻道别。期间梦幻也是一脸不舍的蹭着小赤的脸颊，但知道小赤也有属于自己的旅行后，梦幻与小赤道别完就离开森林不知去向。
“怎么说呢……”大木博士一脸尴尬的挠挠头，“小赤啊，之前为你准备的小火龙出现了点意外……”
“嗯？怎么说？”小赤疑惑道，难道联盟官方授予的御三家还能失踪？
“待会你还是自己看看吧！”大木博士启动仪器，转动的仪器弹出三颗精灵球，唯独中间的位置没有弹出精灵球，作为穿越者的小赤自然清楚里面藏着皮卡丘的精灵球。
“小赤，对不住了，既然你选择小火龙……”小茂先一步走上前，拿走杰尼龟的精灵球，“这个杰尼龟我可是期待很久了！”
小赤见此淡淡一笑，除了喜爱的原因，杰尼龟还是克制小火龙的属性，作为竞争对手的小茂，自然不愿意放过此次机会。
“那我就选择妙蛙种子！”叶子拿走妙蛙种子的精灵球，细心的小赤看出叶子松了一口气，似乎喜悦妙蛙种子没有被人选走。
小赤见小茂与叶子都得到了精灵球，默默的拿走小火龙的精灵球，他倒是很疑惑小火龙究竟发生了什么意外。
“出来吧，小火龙。”小赤抛出手中的精灵球，但等待小赤的并不是热情的小火龙，而是充满敌意的喷射火焰。
“小心！”叶子担忧道。
“没事的，这点火焰根本伤害不到小赤。”小茂冷静道。
只见小赤的面前凭空出现一道波导护盾，将火焰轻松格挡，火焰消散后，一只身高1m，红色瞳孔的小火龙赫然出现在地上。
“大木博士，这只小火龙的血统似乎？”细心的小赤，察觉到小火龙的不同。
“没错，这只小火龙的父辈，是一只血统纯正的准神级龙系宝可梦，继承了其优良的血统。但性格也是极其好战，原先的小火龙意外被这只打伤，无奈之下只好将这只不好控制的小火龙配给你了！”
大木博士解释道，试探性的观察了下小赤的脸色，却发现小赤露出一丝微笑，似乎很满意小火龙的样子。
“还好我没选择小火龙！”小茂吐槽道，但也受到来自小火龙的敌视，要不是忌惮小赤的存在，或许小火龙直接一发喷射火焰让小茂闭嘴。
“我对你很满意，不过目前还不是收服你的时候。”小赤使用精神力控制住小火龙，使用精灵球将其收回。
“你们也放出自己的宝可梦来增进下友谊吧！”大木博士提议道。小茂还好，直接放出杰尼龟，但叶子却犹豫了片刻，毕竟小火龙的贸然攻击让叶子对初始宝可梦的印象不怎么好，生怕自己妙蛙种子的性格也是如此。
“放心吧，小赤的小火龙只是意外事件！”大木博士察觉到叶子的犹豫，安抚道。
小茂与杰尼龟的相处不错，一开始杰尼龟也有点怕生，但在小茂热情的拥抱下，也是对小茂敞开心怀，喜悦的跳到小茂怀中，大木博士见此也是满意的点点头，不愧是自己的孙子。
叶子也放出了妙蛙种子，作为草系的妙蛙种子性格比较温顺，在察觉到叶子的惧意后，主动伸出藤鞭与叶子握手。很快叶子愧疚的抱住妙蛙种子，为自己刚才的举动抱歉，妙蛙种子也欣然接受叶子，高兴的眯着眼。
见小赤三人都得到属于自己的御三家，大木博士也端正下态度，仔细为三人讲解宝可梦图鉴与精灵球的作用，以及之后冒险旅途中需要注意的事项等等。
最认真听得就是叶子了，还不忘拿出小本子记着，小赤与小茂倒是略显懒散，毕竟这方面的事情两人早就接触很久了，稍微听取下就可以了。
“这是属于你们的精灵球与宝可梦图鉴！”
讲解完事项后，大木博士将小赤三人的精灵球与图鉴交给他们，并祝福三人在之后的旅途中实现自己的梦想。
其中唯独小赤的图鉴略显不同，这是小赤与大木博士一起合作改良的产品，目前只有小赤拥有。