离开霓虹镇，小智一行人来到大傻谷，这里前一段时间传出来有古代宝可梦化石的消息，引来了许多训练家前来。
这些训练家的目的就是为了在这里挖古代宝可梦化石，小智一行人来到这里，遇见了小茂，小茂也在这里挖到了化石，可惜是宝可梦大便化石。
现在小智前往火箭队埋藏炸弹的地点，等炸弹爆炸的瞬间，进入地洞，毕竟里面有着古代宝可梦……
火箭队三人组误以为小智想要阻止炸弹爆炸，在小智身后追着。
“站在，别跑，双弹瓦斯，泥浆攻击”为了让小智停下来，小次郎还放出双弹瓦斯，攻击小智。
“喂，有没有搞错啊，我没有想阻止你们点燃炸弹啊”小智转头看向火箭队说道。
“我们才不相信你呢，喵～”
“好吧，那你们继续追吧”小智无奈摇了摇头。
火箭队在追击小智的路上，小次郎被一块凸起的石头绊了一跤，撞上武藏和喵喵，变成一颗球，朝着谷底滚去。
小智回头看见，惊讶道:“我去，变成球了，我躲”
小智和皮卡丘连忙一个侧身躲开，只见火箭队直接掉下谷底，小智也不再浪费时间，直接瞬间移动带着皮卡丘来到谷底，等待炸弹爆炸。
“喂喂，要爆炸了，小鬼头，肯定阻止啊”火箭队趴着地上，朝着小智喊道。
他们没有想到自己会追着小智，然后掉到炸弹这里，而现在，小智就在一旁看着炸弹爆炸。
“他不会……真的想让炸弹爆炸吧”小次郎看着静静等待的小智说道。
很快，炸弹爆炸了。
轰～一声巨响在峡谷里响起，地面慢慢裂开，露出地下的空间，火箭队直接掉了下去，小智带着皮卡丘使用瞬间移动，来到地下。
也在这个时候，入口被炸弹波及到的岩石也慢慢裂开，将入口堵住。
“小智，皮卡丘”
小霞和小刚听到爆炸声，也赶了过来。
看着被埋住的地下入口，小刚流下冷汗:“小智不会被埋了吧？”
“我们要快点救出小智”小霞急迫道。
“嗯”小刚点了点头。
接着两人便一块一块的徒手挖着岩石。
地底里。
火箭队几人掉下来后，醒了过来，小智在他们面前，满脸笑容的看着他们:“嗨，你们醒了？”
“小鬼头？这里是哪里？”武藏看了一眼小智，接着望向四周。
“这个地方阴森森的”小次郎害怕道。
“原来如此，我知道了，喵～”喵喵抬头，观察着。
“这里是地下洞窟，刚才的爆炸在这个洞窟上面开了个大洞，然后你们就掉下来了”小智微笑着解释道。
“你说什么？臭小鬼，都是你害得，要不是你不阻止，我们怎么会掉下来”武藏和小次郎指责着小智。
“切，炸弹不是你们埋的吗，而且我一开始就没打算阻止炸弹爆炸”小智撇了撇嘴道。
“好了，别争谁对谁错，我们现在要想办法离开这个洞窟”喵喵指着头顶喊道。
只见头顶的洞窟入口已经被岩石堵住，根本出不去。
“现在是不可能的，你们先保护好自己吧”小智笑道。
“保护好自己？什么意思”火箭队疑惑。
“你们看看四周吧”小智说道。
只见洞窟四周亮起一双双猩红色的眼睛，注视着几人。
“这……这些是什么东西”武藏害怕的扒拉在小次郎身上。
紧接着这些眼睛的主人也出现在小智与火箭队面前。
“化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽被认为是几万年前绝种的宝可梦，其生态与习性一切都是迷，至今仍然有人认为他们生活在某些地方……”图鉴声音响起。
“太棒了”
“我们将成为幸存的古代宝可梦的发现者而名留青史了”
“喵喵的猫罐头也可以升级了”
火箭队听到图鉴的声音，兴奋道。
“你们是不是想的有点多啊？你看看他们的眼睛，充满血丝，它们之前只是在这里睡觉，但是爆炸声吵醒了它们”小智的声音在火箭队耳边响起。
听到小智的声音，火箭队一激灵，清醒过来，也明白事情的不妙。
“火箭队，为了不让你们打扰，你们就先出去吧”小智说道。
紧接着小智双眼爆发出浓烈的蓝光，对火箭队使出超能力，然后将他们传了出去。
洞窟上面，小霞和小刚放出自己的宝可梦，帮忙挖着岩石，看见火箭队突然出现在一旁。
“火箭队？”小刚看见火箭队出现，疑惑。
“他们怎么出现在这里？”小霞不解。
“难道是小智送他们出来的？可为什么他不出来？”小刚疑惑道。
“火箭队，你们怎么出来了？”小霞看着火箭队问道。
“可恶，下面生活着古代宝可梦，那个臭小鬼居然把我们传出来”武藏生气道。
“就是说呀，喵～”
“原来下面有活的古代宝可梦”小刚喃喃道。
“哼，你们布置炸弹炸毁这里，我们已经通知君莎小姐了，你们等着吧”小霞喊道。
“什么？情况不妙，你们给我等着，我们快溜”火箭队撂下一句话，急忙溜走。
“小霞，小智现在不出来应该是想收服古代宝可梦吧”小刚看向小霞说道。
“啊，不会吧”小霞不敢相信。
……
洞窟里，此时小智已经打晕了来攻击的镰刀盔，多刺菊石兽等宝可梦，他带着喷火龙和皮卡丘在洞窟里慢慢观察着。
周围还有着还在沉睡的宝可梦，小智使用探查术观察一只只镰刀盔和多刺菊石兽，至于化石盔和菊石兽嘛，就算了。
很快，小智寻找到冠军资质且体型较大的镰刀盔和多刺菊石兽，这两只宝可梦目前还在沉睡，小智丢出精灵球，将其收服。
叮～收服镰刀盔，多刺菊石兽起航点+2000，任务:收服古代宝可梦完成，奖励:宝可梦环境适应药水，资质提升胶囊*3，高级球*5，起航点+5000，初级格斗技巧。
接着按下图鉴的按钮，拿出暴鲤龙和火爆猴的精灵球喃喃道:“暴鲤龙，火爆猴，你们先回大木研究所吧”
将手里的两个精灵球传送回大木研究所，小智将镰刀盔和多刺菊石兽放了出来。
此时，两只宝可梦已经醒了，双眼冒着血丝，盯着小智，如果不是小智现在是它们的训练家，他们此时都要一拥而上攻击了。
“我知道你们是从古代弱肉强食的环境下生存下来的，不过现在已经不是古代了……”小智释放自己的波导、超能力对着镰刀盔和多刺菊石兽交流着。
等两只精灵慢慢接受时，小智拿出环境适应药水，将其取出5/2，分给镰刀盔和多刺菊石兽喝下，并且将资质提升胶囊也给它们服下。
慢慢的，两只精灵也逐渐适应现在的环境，双眼的血丝也慢慢消散，爆发出生活在古代的气势。
两只精灵经过长时间的沉睡，实力降到了准天王初级，之后就是慢慢的恢复实力了。
小智将两只精灵收起，然后为小刚和小霞物色镰刀盔和多刺菊石兽。
他为两人找了实力降到道馆级，且资质在天王的镰刀盔和多刺菊石兽，然后用两人的精灵球将其收服。
之后就是和之前一样，拿出环境适应药水，给两只精灵喝下，并且告诉两只精灵他们的主人是谁，并且通过超能力感应到小刚和小霞的位置，将精灵球送回小刚小霞手里。
地面上，小刚和小霞看见手里的突然出现的精灵球，想到了直接小智向他们要去的精灵球，想打开精灵球看看，但此时周围有着他们叫来帮忙的人还有君莎小姐，两人按耐下心情，收起精灵球。
洞窟里，小智找到了化石翼龙的位置，这只化石翼龙的资质达到冠军，并且身体周围散发着煞气，体型庞大，小智将其叫醒。
吼——！
化石翼龙被小智吵醒，一脸怒意的盯着小智，对其咆哮。
“化石翼龙，我要收服你”小智很直白的开口。
但身为远古天空霸主的化石翼龙怎么可能同意，当场表示要和小智对战一番。
吼——！
化石翼龙朝着小智喊道。
“放心，我肯定是先打赢你，然后将你收服”小智对着化石翼龙笑道。
“皮卡，皮卡”
皮卡丘盯着化石翼龙，脸上释放着一些电流，等着小智下令。
不过，小智不准备用皮卡丘，他想自己对付化石翼龙，说道:“皮卡丘，这次不用你，我自己来”
“皮卡？”
皮卡丘疑惑。
只见小智漂浮着来到化石翼龙面前，手上慢慢凝聚着波导弹……
一颗巨大波导朝着化石翼龙攻去，化石翼龙急忙避开，但还是受到伤害，不服的化石翼龙朝着小智反击。
……
就这样，在小智一系列猛攻之下，化石翼龙晕倒在地，而小智也不太好受，嘴角带着血迹，衣服破烂，头发乱糟糟的。
而在此期间，小智还放出镰刀盔和多刺菊石兽，让其和皮卡丘站在一旁观战。
镰刀盔和多刺菊石兽被小智的实力震惊，原本尽管被小智收服，但它们内心还是不爽，毕竟小智趁他们沉睡之下才将他们收服，但现在，他们内心的不爽已经消失……
小智将化石翼龙收服后，收回镰刀盔和多刺菊石兽，并且将这两只精灵传送回研究所，然后稍微收拾了一下，从背包里拿出新的衣服换上。
最后，小智瞬间移动到地面，来到地面时，发现小茂早已离开大傻谷。
之后就是和君莎小姐说明这里的情况，君莎小姐上报联盟，联盟派人将大傻谷保护起来，禁止人们打扰这里沉睡的宝可梦……
一行人做完一切之后，就离开大傻谷，此时，小智手里正抱着一颗精灵蛋，这颗精灵蛋是小智在洞窟入口的周围找到的。